In einer Gesprächsrunde der Laufgruppe des USV Jena kam die Idee auf rund um Closewitz einen Lauf zu organisieren. Rüdiger Grunow nahm die Idee auf und organisierte 2001 die erste Auflage als damals Trainingslauf mit Zeitwertung. Bereits im zweiten Jahr waren rund 100 Teilnehmer am Start und ein Jahr darauf war der Napoleon Lauf Bestandteil der damals von Rüdiger Grunow neu ins Leben gerufenen Laufserie „Saale Cup“. Aus Anlass der 200. Wiederkehr der Schlacht von Jena und Auerstedt war der Napoleon Lauf 2006 Bestandteil des Köstritzer Thüringen Cups. Der beliebte, aber wegen seines Profils auch anspruchsvolle Lauf erfreut sich großer Beliebtheit und die Teilnehmerzahlen bewegen sich um die 200 Läuferinnen und Läufer.